Джон Уоттс Янг родился 24 сентября 1930 года в калифорнийском городе Сан-Франциско.
В 1952 году он с отличием окончил Технологический институт Джорджии и получил степень бакалавра аэронавтики. После окончания института Янг служил в Военно-морских силах США, где впоследствии был направлен в школу летчиков-испытателей. С 1959 служил летчиком-испытателем в ВМС.
В сентябре 1962 года Джон Янг был отобран во вторую группу астронавтов США. Свой первый космический полет астронавт совершил 23 марта 1965 года совместно с Вирджилом Гриссомом на космическом корабле «Джемини-3». Это был первый в истории пилотируемый полет.
Второй раз Янг отправился в полет уже командиром корабля «Джемини-10» 18 июля 1966 года, а в 1969 году во время третьего полета астронавт был пилотом командного модуля «Апполон-10».
В 1972 году Джон Янг впервые ступил на поверхность Луны. Он стал вторым в мире человеком, дважды летавшим к Луне, но при этом первым, кто при втором полете удачно на нее высадился. За этот полет Янг получил вторую медаль «За выдающиеся заслуги».
С января 1974 года Джон Янг служил руководителем бюро астронавтов НАСА, а в мае 1987 года был назначен помощником директора Космического центра им. Джонсона НАСА. В декабре 2004 года, после 42-летней службы в НАСА, Джон Янг вышел на пенсию.
В общей сложности Джон Янг имел более 15 100 часов налета на различных летательных аппаратах.