Борис Ноткин родился 13 августа 1942 года в Москве.
В 1966 году окончил переводческий факультет Института иностранных языков. Во время совместной работы над фильмом «Ватерлоо» переводил диалоги кинорежиссёра Сергея Бондарчука и композитора Нино Рота. В свое время считался одним из лучших переводчиков-синхронистов в СССР.
После окончания в 1972 году аспирантуры исторического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова защитил диссертацию по американской советологии.
В 1989 году «Литературная газета» опубликовала статью Ноткина о неэффективности советской медицинской пропаганды. Позже Ноткина пригласили в программу «Добрый вечер, Москва» в качестве гостя, а через неделю Ноткин вновь появился в эфире в качестве ведущего этой программы. В 1994 году стал автором телепередачи «Приглашает Борис Ноткин». После образования телеканала «ТВ Центр» начал выпускать программу «Галерея Бориса Ноткина», которая позже была переименована в «Грани».
Дважды номинировался на премию ТЭФИ. Награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» I степени за большой вклад в развитие отечественного телевидения и многолетнюю работу, а также орденом Дружбы.